此举自然引起了三藩的激烈反抗，同年十一月二十一日，吴三桂一举起反旗，汉官，汉臣，明朝旧部纷纷响应，随后平南王尚可喜，靖南王耿精忠快速响应，转瞬之间吴三桂彻底控制了云贵地区开始转攻四川及湖南，两个月内相继攻克常德、长沙、岳阳、衡阳，攻向四川的部队也在攻入四川后转入陕甘地区，配合当地的王辅臣反叛，与此同时耿精忠率兵攻取浙江杭州沦陷。

到此时，清王朝刚刚夺下的江山已经有一半易主，本来吴三桂在湖南地区只需要渡过长江就能长驱直入直抵北京将清廷赶出三海关，可吴三桂却突然停下了脚步，在衡阳地区走走停停，以至于错过了最佳战机。

那吴三桂为什么会放弃这个千载难逢的机会呢？首先要搞清楚的是吴三桂究竟想不想反，吴三桂统治云贵之时，时常有叛军冒出来，为了吴三桂常常向清廷请求援助，以方便自己剿匪，除了是在薅清廷的羊毛以外，更是向清廷示弱，表现出一副自己连匪徒都打不过的模样，以防清廷削藩，后来三藩之乱的时候，所谓的云贵匪患在数天内被吴三桂缴一空。

如此可见，吴三桂是并不想反的，他只想守着自己的云贵地区，只不过是清廷一定要削藩，吴三桂才不得不反，因此他反清的念头并不坚定，但清廷表示可以推迟削藩时，吴三桂明显有了退意，也因为和清廷商讨削藩事宜，大军在衡阳走走停停。

这只是其一，其二便是吴三桂手下士卒也不是很乐意反，他们不似吴三桂那样投降以后还有性命之忧，为了离间君臣，康熙颁布圣旨称：表示这次叛乱只是吴三桂的个人行为，绝不追究任何跟他相关的旧部。

其三便是原本预定的的云南提督桑峨，云南失陷后，桑峨便直接与云南总督鄂善去找湖广总督蔡毓荣一同守卫湖南湖北地区，这时候清军先锋已经赶到了贸然进攻讨不到好，其次最重要的是，甘陕的王辅臣被清兵阻击在甘陕地区，无法给吴三桂提供帮助，而靖南王耿精忠的部队则被拦在了江浙，进退两难，没有两方相助，吴三桂根本不敢贸然杀入湖北地区。

在一次又一次的延误战机之下，清军主力逐渐汇聚于前线，吴三桂彻底失去进军关中的机会，三年后，随着王辅臣兵败，耿精忠因为台湾的郑经部争夺福建而腹背受敌，被清军击败，没过多久，尚可喜的儿子尚之信投降，清军集结大军从三面围攻湖南。

不过由于吴三桂个人能力以及湖南地区，云贵地区的帮助，吴三桂依靠据险而守勉强挡住了清军的兵锋，直到公元1679年，已是濒死之人的吴三桂在衡阳称帝，没多久，吴三桂病逝，群龙无首之下叛军快速崩溃，三年后康熙围攻昆明，吴三桂之子吴世璠自杀，三藩之乱被平定。

可以看出，吴三桂本是有能力和清廷逐鹿中原的，但是由于其本身的性格导致其根本没能狠下心造反，其造反的态度取决于清廷的强硬程度，倘若清廷强硬削藩，他就敢直捣黄龙，倘若清廷态度稍加柔和，他便开始举棋不定，以至于清军抵达前线后三藩之乱的溃败，不然就算无法恢复明朝疆土，多少也能和清廷划江而治，另谋出路。