原标题：9+期刊Oncogene:肿瘤热点生信文章速览
期刊选择一直是科研工作者需要关注重要问题之一，纯生信工作发表杂志的选择更是尤为关键。本文为大家梳理了2021年1-8月 Oncogene（IF=9.862）发表的五篇生信类文章，大家可以体会如何在该杂志上发表高质量的生信类文章。
研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer
研究二：A pan-cancer analysis of alternative splicing of splicing factors in 6904 patients
研究三：A seven-gene signature to predict the prognosis of oral squamous cell carcinoma
研究四：Comprehensive characterisation of intronic mis-splicing mutations in human cancers
研究五：Nonlinear relationship between chromatin accessibility and estradiol-regulated gene expression
一、期刊介绍
Oncogene旨在通过发表杰出的研究成果，使我们对致癌过程的认识取得实质性进展。接受挑战标准猜想和建立在以前研究基础上的工作，特别是那些导致在癌症病因、诊断、治疗、预防以及驱动肿瘤转移扩散的过程方面建立新范式的工作。Oncogene涵盖的领域包括但不限于，癌症的细胞和分子生物学，包括对癌症治疗的耐药性，以及发展更好的方法来提高生存率。在癌症生物学领域研究范围广泛，包括生命科学和生物医学，从最基础的理论工作，到转化、应用和临床研究，期刊官网请见https://www.nature.com/onc/journal-information。
Oncogene最新影响因子为9.862，每年发50刊（周刊），年刊文量481-653，国人刊文量100-238，从提交到接收的平均时间为194天，纯生信类刊文量较少但质量较高，详细信息推荐刊查查系统（https://www.paperneed.cn/#/articles/search）。
二、2021生信文章速读
研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer
使用LncRIndiv方法对TCGA乳腺癌数据的lncRNA表达谱构建个体化的差异表达长非编码RNA图谱（IDElncRNA），总共包括3458个lncRNA（1909个下调lncRNA和1549个上调lncRNA），在样本和lncRNA水平分别采取五倍交叉验证的方法，结果精确性都在95%以上。从Fold change的角度分析发现IDElncRNA倾向于是差异表达的lncRNA。此外，统计发现IDElncRNA表达与拷贝数变异（CNV）和DNA甲基化的方向是一致的。
期刊选择一直是科研工作者需要关注重要问题之一，纯生信工作发表杂志的选择更是尤为关键。本文为大家梳理了2021年1-8月 Oncogene（IF=9.862）发表的五篇生信类文章，大家可以体会如何在该杂志上发表高质量的生信类文章。
研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer
研究二：A pan-cancer analysis of alternative splicing of splicing factors in 6904 patients
研究三：A seven-gene signature to predict the prognosis of oral squamous cell carcinoma
研究四：Comprehensive characterisation of intronic mis-splicing mutations in human cancers
研究五：Nonlinear relationship between chromatin accessibility and estradiol-regulated gene expression
一、期刊介绍
Oncogene旨在通过发表杰出的研究成果，使我们对致癌过程的认识取得实质性进展。接受挑战标准猜想和建立在以前研究基础上的工作，特别是那些导致在癌症病因、诊断、治疗、预防以及驱动肿瘤转移扩散的过程方面建立新范式的工作。Oncogene涵盖的领域包括但不限于，癌症的细胞和分子生物学，包括对癌症治疗的耐药性，以及发展更好的方法来提高生存率。在癌症生物学领域研究范围广泛，包括生命科学和生物医学，从最基础的理论工作，到转化、应用和临床研究，期刊官网请见https://www.nature.com/onc/journal-information。
Oncogene最新影响因子为9.862，每年发50刊（周刊），年刊文量481-653，国人刊文量100-238，从提交到接收的平均时间为194天，纯生信类刊文量较少但质量较高，详细信息推荐刊查查系统（https://www.paperneed.cn/#/articles/search）。
二、2021生信文章速读
研究一：Individualized lncRNA differential expression profile reveals heterogeneity of breast cancer
使用LncRIndiv方法对TCGA乳腺癌数据的lncRNA表达谱构建个体化的差异表达长非编码RNA图谱（IDElncRNA），总共包括3458个lncRNA（1909个下调lncRNA和1549个上调lncRNA），在样本和lncRNA水平分别采取五倍交叉验证的方法，结果精确性都在95%以上。从Fold change的角度分析发现IDElncRNA倾向于是差异表达的lncRNA。此外，统计发现IDElncRNA表达与拷贝数变异（CNV）和DNA甲基化的方向是一致的。
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