但是从万历二十年开始他就逐渐的远离朝堂，开始居于后宫而不出。很多大臣上书请命也不得法，但是奇怪的是国家却没有因此而受到影响。还是按照正常轨迹运行，江山社稷并未有所动摇。而且历史上非常有名的万历三征也发生在他不上朝的这些年里。

这样看来万历皇帝确实是治国有道的明君。二十多年不上朝对国家的治理都远胜于有些为操持国事而整日不眠不休的君王。但是为什么他有如此韬略然而却恐被他人知晓呢。要以不按朝政整日沉迷后宫来受人以柄？

究其原因不过两点，最初的皇帝受制于母后的管制不能大显才能终日抑郁，后来的张居正又对他过于严苛，张居正作为皇帝的导师自然是很强势的处处说教，而且为了大明江山不免对他寄予厚望所以管教慎严。

太后的望子成龙，张老师的忧国忧民一片苦心却给他带来非常大的压力。所谓物极必反，当万历终于在政绩上崭露头脚，可以彻底摆脱他人的束缚时，不免心生嗔恨想反其道而行之。尽享欢乐置朝政于不顾。

在者就是万历皇帝陵墓是最早发现的明代墓葬，在他的陵寝里发现很多值得研究的明代物件，其中最让人震惊的当属万历皇帝的本尊，人们通过对遗骸的检测发现，万历的骨盆形态异常，两根腿骨的长度也不一致。这一点又给了万历不上朝找到了完美的解释。

他的骨骼有很严重的生理病变，在现在医学的演示下，可证明当时的他基本丧失了行走能力，别说上朝听政就连正常的生活都很难自理，而皇上的疾病乃是国家的大忌，别说昭告天下了就连风声也不能走漏一点，否则内忧外患会给国家带来灭顶之灾。故而只能用皇上荒淫无度不管朝政为由，来掩盖身体残疾的事实。可谓也是煞费苦心，令后人误解千年。