以魏忠贤为首的阉党肆意构陷，屡兴冤狱，残酷打击迫害一度掌权的东林党人士，并血腥镇压其他政治反对派。其罪恶累累，罄竹难书，及至崇祯帝即位后，才被严厉镇压。《钦定逆案》一书颁布后，魏忠贤和阉党便永远地被钉在历史的耻辱柱上。

阉党当权时，阮大钺积极参与制造了“封疆案”、“六君子案”等一系列冤案，所以在魏忠贤被诛杀后，感觉到自己有灭顶之灾，于是立即赶写了两封上疏。一封是专门弹劾崔呈秀、魏忠贤的；一封则是对天启皇帝执政的七年政事进行“合算”：天启四年（公元1624年）以后乱政者是魏忠贤，同党崔呈秀，天启四年以前乱政者是王安，以东林党为羽翼。他把两封上疏同时火速寄给杨淮垣，指示他说，如果时局发生重大变化，则呈递弹劾崔、魏的上疏；如果情况未定，则上“合算疏”。可见阮大钺是一个极善见风使舵、左右逢源的奸滑政客。

但阮大钺名挂逆案，难脱干系，终被削去了官职，诏令“终身不得录用”。他流寓到南京后，恰遇官场失意的马士英。两人臭味相投，一拍即合。于是整日推杯把盏，互诉苦衷，大有相见恨晚之感。

阮大钺阿附阉党，臭名昭著，在南京几乎成为人人喊打的过街老鼠。白天，南京街头巷尾到处张贴着声讨阮大钺的布告，晚上，则时不时有恐吓他的纸团飞进屋子，吓得阮大钺闭门谢客，不敢轻易抛头露面。只有马士英整日陪伴他打发寂寞无聊的时光。随着时间的流逝，马士英的命运却很快发生了转机。

崇祯十四年（公元1641年），因逆案被削职的权奸周延儒突然莫名其妙地被内召为内阁首辅。这在朝廷内外引起很大震动。阮大钺闻讯后欣喜若狂，赶忙携带巨款，前往拜访，满心希望捞得一官半职。他在周延儒面前大骂东林党如何卑劣，诉说钦定逆案不公平。可是阮大钺拍马屁偏偏拍到了马腿上。周延儒只好以实情相告：“我这次升迁，全仗着东林党人出力，可是你的名字还挂在皇帝定下的逆案里，不好办哪！”阮大钺一听，心里凉了半截。亏得他在官场里混了多年，马上将话锋一转：“其实我个人得失进退是次要的，但有一个人却不可埋没”阮大钺顿了顿，一字一句地说：“瑶草（马士英的字）怎么样？”周延儒贪图阮大钺那一大堆白花花的银两，不好推辞，便答应有机会就给马士英封官。说来也凑巧，第二年凤阳总督高斗光在与张献忠衣民军决战过程中，连失五城，被速捕治罪。周延儒乘机替马士英说情，让他当上了兵部左侍郎兼右佥都御史，总督庐州、凤阳等处军务。马士英对阮大钺可谓感激涕零，发誓日后握有大权时一定要提拔他。

马士英官场上再度得势，而明朝的统治却无可挽救地在迅速崩溃。崇祯十七年四月，李自成率衣民军攻克北京，明思宗朱由检在煤山上吊身亡，长达270多年的明朝统治覆亡了。马士英感觉到自己刚刚拥有的一切很快又要离他而去了，终日恐慌不安，如坐针毡。他天天派人四出打探消息，揣度着时局的走向。

明朝覆亡消息传到南京，居守陪都的六部官员一片恐慌。为继承明统，他们决定拥立新君，重建中央政权。但在君王择立问题上，南京各派官员却展开了激烈的争斗。有人主张拥立福王朱由炭，有人主张拥立潞王朱常芳，吵得不可开交。这种混乱局面对于马士英来说犹如一针强心剂，他预感到自己捞到了一根救命稻草。马士英毫不犹豫地卷入这场政治争斗。

这场争斗基本分成两派。一派以东林党人为主导，一派以马士英为核心。东林党人翰林院詹事姜日广、兵部尚书史可法、兵部侍郎吕大器、右都御史张慎言、前礼部侍郎钱谦益等主张拥立“昭穆不远、贤明可立”的潞王朱常芳。他们认为福王虽系神宗亲孙，“伦序当立，而有七不可：贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司也”。其实更重要的是，他们担心福王上台后，会重提“国本”、“移宫”等旧案，引用奸邪，与已不利。因为东林党曾经逼迫福王父亲朱常洛到洛阳就封，福王与东林党结下了世仇。而且，东林党参与三案争斗，久为政敌所忌恨。假如皇帝重翻老账，再加上一些人别有用心地进行攻击，东林党的日子就难过了。

但是凤阳总督马士英偏是哪壶不开提哪壶，力主按伦序继统，拥立福王朱由炭。马士英如此卖力地维护所谓“有嫡立嫡，无嫡立长”的封建继承制度，当然有他自己的小算盘。福王是一个昏庸无能、只知玩乐享受的宗王。马士英正是看准了这一点，可以为己所用。

狡猾的马士英表面上虚张声势，继续与东林党人争执辩论，暗中已在采取行动。他联络总兵高杰、刘泽清、黄得功、刘良佐等实力派，派兵把朱由秘接到了南京，声称“以序以贤，无如福王，已传谕将士为三军主，请奉为帝”。事已至此，史可法等人也无可奈何，只好被迫放弃原议。五月十五日，福王正式即位称帝，以明年为弘光元年，此即第一个南明政权弘光政权。

马士英在与东林党人争斗的第一个回合中取得了胜利，不觉颇为得意：福王只是我扶上皇位的一个愧偏，一切大事还不是我说了算。然而事情并不以马士英的意志为转移。东林党虽然在君王择立问题上受挫，但却成功地掌握了内阁权力。其中史可法为内阁首辅，掌握了朝中大权。马士英则屈居史可法之下。

史可法，是东林党领袖，具有卓越的军事才能。他青年时代就深受东林党影响，立志以国事为重。明末衣民起义风起云涌，史可法受命四处征剿，屡有战功。而且，他治军廉明有信，深得士兵爱戴。因此，他在朝廷内外享有很高威望。

史可法掌权引起马士英极度不满和恐慌。他连续召集心腹死党在家中进行密谋，商讨如何排挤史可法。有人提出应从东林党与福王关系上寻找突破口。这一下可提醒了马士英。他立即翻出一封史可法写给马士英的关于拥立福王“七不可” 的亲笔信，连夜秘密地交给了福王。福王看了信后，当然很是不满，遂有意要调离史可法。马士英则趁机指使高杰、刘泽清等连连上疏，催逼史可法离开南京。

掌握着内阁大权的东林党则一致加以抵制。弘光帝这下可为难了，既不想委屈马士英，又不敢得罪东林党，最后决定召开一次御前会议，由大臣们商量谁留在京师辅政，谁领命督师淮扬。会议一开始，马士英就不怀好意地说“我现在年事已高，对于征战之事恐怕是难以胜任了。不过，宪之（史可法的字向来治军有方，而且深得士兵和百姓爱戴。我看，这带兵防守之事，还是由宪之承担最为合适”。高杰、刘泽清等人立即随声附和。史可法心里十分清楚马士英的阴谋，但为了顾全大局，还是同意出镇淮扬。这样马士英遂得以留朝辅政，独揽了大权。在以后很短的时间内，朝廷又连续追加马士英锦衣卫指挥佥事、建极殿大学士等一连串要职。一时间，马士英可谓如日中天，炙手可热。