随着朱温篡夺唐朝，公元907年，唐朝瓦解。另一支李氏旁系子孙，趁机占据南方，公元937年，李昪定都金陵（今南京），建立南唐，五代十国时期，中原战乱频发，因而南方迎来了第二次大规模的人口迁徙。

第三次衣冠南渡则显得尤为著名，即1127年“靖康之乱”。女真族在首领完颜阿骨打的带领下迅速得到统一，并在壮大之后攻城拔寨，盛极一时。女真族建立金朝，赶走了曾经盘踞在北方和北宋对峙的契丹族，并在1127年攻入北宋首都，掳走宋徽宗宋钦宗二位皇帝，以及一大批皇室子弟，仅有在外勤王的康王赵构得以幸免。随后，赵构南渡在杭州建立南宋王朝。

第一次衣冠南渡让北方发现了南方的富饶和可开发的空间，一同带走的技术让南方不再落后北方，但对南方最大的益处是人口上的优势，人口多意味着有更多的劳动力，也就是说荒地的开采率高。第二次的衣冠南渡虽然没有第一次规模大、人口多，但是这次士族占据大部分，带来的是更为核心的技术，使南方已有的基础上进行再度开发，而战乱导致北方经济及其他进入瘫痪，所以此时南方开始跟北方持平。

第三次衣冠南渡，南宋将南方优秀的人才聚集起来之后，农民提供劳动力，士族提供先进的知识让南方蓬勃发展，而此时北方彻底陷入瘫痪，南方就此彻底崛起成为中国乃至于世界的经济核心。位于江南的南京和其上下游的采石、瓜洲一起构成的江防体系是保证南京安全的直接屏障。南京地势险要，四周是山，北高南低，易守不易攻。西边有秦淮河入江，沿江多山矶。从西南往东北有石头山、马鞍山、四望山、卢龙山、幕府山，东北有宁镇山脉的最高峰钟山，北边有富贵山、覆舟山，鸡笼山，南边有长命州、张公州、白鹭等沙州形成夹江，这些天然屏障拱卫着南京。不仅如此，南京还交通便利，东南的太湖平原和钱塘江流域是水资源丰富的地方。沿江可上溯到九江、武汉，沿江下行可到上海，加上秦淮河与太湖水系，使得南京四通八达。

南京自身的地理条件也十分优越，几乎所有占据中国南方的政权都以南京作为首都。由于历代统一王朝的都城大多都在中原，明朝建立之初，朱元璋便打算择机将京师迁往北方。洪武元年（1368年），下诏以汴梁为北平，以金陵为南京，效仿周唐的京平故事。朱元璋也曾想过要把当时的元大都（北平）作为都城，那时候的北方地区经常遭到游牧民族的侵扰，而南京作为距离北方边境较远的地区，防御上还是较占优势的。洪武二年（1369年），朱元璋又在故乡今安徽凤阳营建中都，同时下令从江南移民中都。但是开封和凤阳都是久经战乱，破败不堪，难以承担京师的重任，朱元璋于是放弃了迁都这两处的打算。

靖难之役后的永乐元年（1403年），礼部尚书李至刚等奏称，燕平北平是皇帝“龙兴之地”，应当效仿明太祖对安徽凤阳的做法，立为陪都。于是朱棣大力擢升燕平北平府的地位，以北平为北平府，改北平府为顺天府，称为“行在”。行在也称行在所，是指天子所在的地方，就是陪都的存在。接着将北平布政使司和北平都指挥使废掉，设立了国子监，对北京的行政系统进行了一些列的更改。

同时，朱棣还命令浙江、福建、陕西等多地的富商迁徙到北平府来充实北平。如果这些富户去北京城那么他们将免除差役五年。另一方面朱棣还命令建造船只200艘，督运粮食49万石到北平作为军用储备粮。到了永乐三年（1405年），朱棣从山西等地迁徙了一万多户前往北平；永乐四年（1406年）有大臣开始上奏建议朱棣开始在北平建造宫殿，可以在巡幸的时候使用，朱棣下诏以南京皇宫（南京故宫）为蓝本，兴建北平皇宫和城垣。永乐七年（1409年），朱棣以北平为基地进行北征，同时开始在北平附近的昌平修建长陵。将自己的陵墓修在北平而不是南京，证明朱棣已经下定决心要迁都。