人体生长发育越快，则越需要补充蛋白质，我们熟知的鱼、虾、瘦肉、禽蛋、花生、豆制品等食物中都富含优质蛋白质，还有一些含有氨基酸的食物，如面粉、小麦胚芽、牛肉、鸡肉、肝脏、猪腿肉等食物。在古代的日本，这些食物中的大部分显然日本都没有，或者是相对紧缺，当然满足不了人体生长发育的需求。

有资料证实，在日本江户时代，日本男性的平均身高降至最低点，大约在155cm-156cm左右，女性平均身高更矮，大约在143cm-145cm左右。日本曾经还有过一个国人身高不断下滑的阶段，古代时期他们武将的身高也很矮小，很多肖像画可以证实这一点。

据画像记载，日本战国时代，一个叫丰臣秀吉的武将的身高只有140cm左右，相比勇猛、健壮的武将形象，日本的武将和高大威猛根本沾不上边。不仅如此，日本的武将之间还会以“猿猴”或“秃鼠”来嘲讽身高矮小的人。

在地理上面，日本是一个典型的环海岛国，交通比较闭塞。在古代航海技术并不发达的情况下，与他国的沟通和交流不便。古代日本人生存的岛上人种单一，他们身上身材普遍矮小的缺点也就一代一代继承下来，这就是基因遗传的原因。

在古代交通、物流不便的情况下，日本普通民众的一日三餐就只有米饭、咸菜、酱汤老三样，靠近海边的还能吃点海鲜产品，内陆地区食材比较缺乏，营养无法满足身体的需求。在古代的日本，人们基本上都很少吃肉食，这导致了他们体内缺乏动物蛋白，从而大大抑制了身体的正常发育。

后来，日本人研究发现了国内的土壤中先天缺乏一种磷元素，便从海外买进磷矿石，大量使用磷肥放置在农田中，想要以此种方式来获得农作物的高产。这无疑是一个成功的办法，一定程度上改善了日本人日常食物中缺乏磷元素的问题。

为满足日本国内对磷肥的需求，日本人还在战争期间到其他国家掠夺磷矿石等资源。比如，抗日战争时期，日本人曾在我国境内的江苏省连云港长期占据矿山，开采磷矿石运回国内，大力改善自己国内土壤，提高本国农作物产量。

总结：进入到了新的历史时期，日本人现在的身高已经有小幅度的提高。针对长期以来日本身高矮小的问题，究其原因，还是因为日本是个岛国，资源匮乏、食物紧缺，营养长期跟不上。还有一点很重要的原因，就是日本的基因交流闭塞，这对于后代是不利的，他们所繁衍的后代无非都是岛内基因传来传去。

在这些因素的综合作用之下，日本的人种在古代是没有优势的，也就造成了至今还是普遍矮小的刻板印象，在全球化的今天，这些问题会慢慢地淡化下去。