拿破仑在1815年6月18日的滑铁卢一战中遭遇惨败，迫于形势第二次宣布退位。当他听说普鲁士军队接到命令，无论是死是活都要抓住他时，他逃往罗斯福尔，计划从那里再逃到美国。但是，英国军舰封锁了每一个港口，他无计可施最终选择了投降。1815年10月，拿破仑被流放到圣赫勒拿岛上，他挑选了贝特朗、蒙托隆、拉斯加斯三位伯爵以及古尔戈将军随行。10月16日，拿破仑到达圣赫勒拿岛，他暂时寄居在英国商人巴尔科姆家中，后来他又有一个龙坞德庄园，他就在这里居住。他开始潜心撰写回忆录，由他口述，拉斯加斯伯爵记录、整理。

1821年5月5日，拿破仑在圣赫勒拿岛上去世。他遗体被安葬在“天竺葵”山谷中的托贝特山泉旁。英国禁止在他墓碑上用“拿破仑·波拿巴”这个名字，只许用“N·波拿巴”。虽当时的法国政府多次要求取回拿破仑的遗骸，可惜均无进展。直到1840年12月15日，拿破仑的遗体才终于被迎回法国，最终安葬在塞纳河畔的荣军院里。

关于拿破仑的死因，一直以来众说纷纭，大不列颠及北爱尔兰联合王国医生的验尸报告显示他是死于严重胃溃烂；也有研究发现拿破仑身体中砷含量超出指标100倍，而且历史学家从当年贵族爱用的墙纸上，发现了含有砷的矿物，猜测是因为环境潮湿而让砷在环境中渗透出来；甚至还有一种说法，说蒙托隆伯爵因为受到英国人的贿赂，以及急于继承拿破仑留给他的一部分遗产，而在给拿破仑的葡萄酒中长期投放砒霜，致使拿破仑慢性中毒。

随着医学的进步，研究人员经过长时间研究后确定，拿破仑的确死于中毒。然而，这又抛出了一个问题，凶手是谁？

历史学者将注意点放到了拿破仑的亲信人员，逐一进行排查，最终得出结论，最大嫌疑人是蒙托隆伯爵。理由有两点，首先，在拿破仑第一次退位时，蒙托隆抛弃了拿破仑，却在滑铁卢战役过后又重新回来效忠；其次，蒙托隆的妻子与拿破仑关系异常，而蒙托隆却毫不关心，一副不管不顾的样子。一些文献中记载，蒙托隆其实是受查理十世指示，每次都在拿破仑酒杯中加入少量砒霜，随着时间的拉长，最终中毒身亡。尽管这种说法被大多数学者认同，但依旧有反对者。

您知道吗？拿破仑曾经写过一部言情小说《克里森与欧吉妮》。这部短篇小说是以拿破仑自己与欧吉妮·克拉里，后改名为德西蕾·克拉里的一段真实爱情罗曼史为背景的。小说讲述的是，法国大革命期间，一位厌倦了战争的英勇军官在一个公共浴池遇到并爱上了小说中的欧吉妮。从军队退役后，克里森便和欧吉妮结婚了，并抚养了几个孩子，在乡下过着闲云野鹤般的逍遥日子。但是战争再次爆发，克里森觉得必须去报效祖国，于是重回战场。不幸的是，克里森在战斗中受伤了。一个给欧吉妮报平安的战友却与欧吉妮暗通款曲，于是欧吉妮不再与克里森通信。伤心欲绝的克里森随后给他不忠的妻子和情人寄去最后一封信，然后便战死沙场。而真实的德西蕾·欧吉妮后来则成为了挪威和瑞典的王后，因为她的丈夫是一位法国将军，后来继承了瑞典王位……当然这是另一个故事了。这部小说幽默诙谐，完全无法让人与印象中厉声厉色的拿破仑将军联系到一起。

拿破仑在被流放期间，旧友马塞纳托关系，经过允许去看他。分手时，马塞纳拿山一副象牙和软玉做成的国际象棋，对拿破仑说：“这副象棋是我专程从法兰西带过来给您的礼物，您会需要它，我的国王。”这的确是一副非常精美的国际象棋，质地名贵，雕工精湛。拿破仑非常喜欢这副象棋，把象棋放在盒子里，不许别人用手碰象棋，防止被损坏。此后的日子里，拿破仑研究棋谱打发他的余生，一直到生命结束。

拿破仑死后，他生前被流放时所用过的东西都被拍卖。马塞纳送给拿破仑的那副国际象棋，也以天价几经转手，最后被法兰西国家博物馆收藏。博物馆工作人员在一次清洗这幅象棋棋子的时候，发现黑国王的底部竟然可以拧开。于是博物馆的工作人员将它打开，大吃一惊，里面竟是一张逃离圣赫勒拿岛的详细地图，上边还用极小的字密密麻麻地写着逃生计划，并带着出去后如何东山再起。但遗憾的是，拿破仑直到去世也没能发现这个惊天秘密，也许这是拿破仑一生真正的滑铁卢。