至正二十五年 (1365年)七月二十九日，孛罗帖木儿入宫时被杀手徐士等人刺杀于延春阁李树之下。刺杀行动进行时，顺帝躲在密室内，约定事成则放鸽铃声。听到鸽铃声后，顺帝走出密室，下令民间杀尽孛罗帖木儿的部下，同时命人将孛罗帖木儿的人头装进匣子里，送到太原的皇太子处。 至正二十五年九月，扩廓帖木儿护送皇太子还京，顺帝任命老臣伯撒里为右丞相、扩廓帖木儿为左丞相，宫廷内斗告一段落。

而后，元顺帝封扩廓帖木儿为河南王，南下肃清江淮，不料却引发了 扩廓帖木儿与李思齐、张良弼等诸多军阀在河南、山西、陕西等地混战的 局面。元顺帝怀疑扩廓帖木儿有异志，命皇太子爱猷识理答腊总领天下兵马，开大抚军院，讨伐扩廓帖木儿。这场军阀混战一直持续到大都失守前 夕，极大地损耗了元朝的有生力量。元顺帝虽昏庸，亦知国难当头，至正二十七年 (1367年)秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备将来逃难之用。在元朝内乱的期间内，朱元璋坐大于南方，将陈友谅、张士诚、方国珍等群 雄次第削平，并在至正二十七年十月发动 “驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。

至正二十八年 (1368年)正月，朱元璋自称皇帝，国号大明，建元洪武。明军高歌猛进，势不可挡。到至正二十八年闰七月时，元顺帝才与扩廓帖木儿和解，但为时已晚。至正二十八年闰七月二十三日，明军抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军，被擒杀。二十七日，元顺帝命淮王帖木儿不花监国、庆童为中书左丞相，自己则做好逃 难的准备，太庙牌位也被收集好，在逃难时一起带走。

二十八日，元顺帝驾临大都清宁殿，召见众臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布将逃往上都。知枢密院事哈剌章 (脱脱之子)力谏不可，元顺帝说:“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也?” 宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说: “天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之!臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城!” 顺帝叹息说: “今日岂可复作徽、钦!” 到了这天夜里，大都健德门开，元顺帝与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。顺帝一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。八月十五日，顺帝一行终于抵达上都，此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国。元朝在中原统治结束，北元开始。

对元顺帝这样的人应该怎样评价呢?他十三岁登基，直到二十多岁才真正掌握朝政。在这之前，元朝实际的权力一直都掌握在权臣的手里。顺帝最初确实是想做一些事情的，他重用脱脱改革，解决了当时的许多现实的社会问题。后来自己亲政后也做了很多努力，但效果不大。

元顺帝之所以不能改变元朝的命运，力挽狂澜，像他的祖辈成吉思汗 或忽必烈那样开创一番事业，和他本身的素质是有关系的。元顺帝尽管理想很高，但因他受到权臣们的压力太大，在现实生活中尝受的磨难太少， 虽然能感受到个人生命在受到威胁，但自己却没有足够的能力去改变。这就是他在二十几岁时，看到哈麻送来的美女时迅速腐化堕落的原因。归根结底，元顺帝不是一个有着坚强意志的帝王，而只是自幼被剥夺了权力的公子哥而已。建功立业也好，沉迷酒色也好，总之，他所做的一切都是为了他自己，虽然行动起来时或许也考虑过社稷苍生，但都不过是一时的冲动。所以在奢侈淫乐中他自然会厌恶朝政，因为他没有足够的责任心，没有意识到自己有责任去挑起国家的重担。

不管怎么说，无论是从做君王的角度，还是从做人的角度来评价元顺帝，他都不是成功的。做君王他既没有足够的才能，也没有足够的责任心。 而作为一个人，他疑心太重，沉迷酒色，实在不是个合格的君主。

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